Yuna é uma jovem estudante de Arcanismo e atualmente frequenta a mais renomada instituição de ensino de toda Gaia. Mas, por trás de seu jeito descontraído e de sua inteligência afiada, a garota guarda um grande segredo: em sua terra natal, ela era uma Paladina — uma guerreira sagrada, treinada pela Ordem dos Paladinos para lutar contra as Sombras, criaturas corrompidas que vagam por toda Gaia e destroem tudo o que encontram em seu caminho. Com a Ordem dos Paladinos fazendo pressão para que ela volte a cumprir suas obrigações e criaturas sinistras seguindo seus passos bem de perto, Yuna e seu irmão, Ur, partem em uma jornada para desvendar os mistérios que envolvem o Mana, a Aura, as Sombras e a antiga civilização dos Guardiões.